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Difetti e limiti
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Il sistema dei repository non è ovviamente la soluzione a tutti i 
mali del mondo, ma presenta alcuni limiti.

Software proprietario
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In particolare, il sistema a repository gestiti dalla distribuzione 
è poco adatto alla distribuzione di software proprietario,
dato che in tal caso gli sviluppatori della distribuzione non hanno 
l'autorizzazione a compiere il loro lavoro di compilazione e distribuzione.

In alcuni casi, la cosa è vista come caratteristica positiva: 
distribuzioni come Debian non distribuirebbero software proprietario 
neanche se potessero, e dunque non si sono mai poste il problema  
di come integrarlo nel sistema dei repository.

Altri gestori di pacchetti, come quello usato da Red Hat, prevedono 
la possibilità di dare accesso a determinati repository solo a clienti 
paganti; questo può funzionare a patto di avere una collaborazione 
tra distribuzione e produttori del software in questione, e può 
porre problemi di controllo da parte di aziende del software installabile 
in modo simile ai negozi Apple o Android.

Un caso più facile è quello di programmi proprietari ma distribuibili: 
in questo caso la realizzazione di pacchetti per l'inclusione in appositi  
repository è possibile, ma spesso si tratta di pacchetti che male 
si integrano con il resto del sistema.

Disponibilità del software
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Il fatto che gli sviluppatori di una distribuzione debbano lavorare 
attivamente per l'inserimento di un programma nei repository 
fa sì che in certi casi programmi molto recenti o particolarmente 
di nicchia non siano disponibili.

Esistono distribuzioni che rendono pressoché ininfluente almeno uno 
di questi due problemi: distribuzioni come Debian e la sua derivata 
Ubuntu, ad esempio, comprendono una quantità sterminata di programmi; 
d'altro canto distribuzioni come Fedora e Arch sono molto attive 
nell'aggiunta di nuovi programmi, anche se ancora sperimentali.

Distribuzioni minori potrebbero risentire maggiormente del problema, 
rendendo meno pratica la loro installazione, a meno che non si tratti 
di distribuzione specializzate in compiti specifici.